ساختار پمپ دیافراگمی که نوعی پمپ جابه جایی مثبت محسوب می شود، به صورت خود مکش بوده و عملیات پمپاژ سیالات از طریق هوای فشرده که جایگزینی برای الکترو موتور می باشد، انجام می شود. روش عملی پمپ دیافراگمی برای انتقال سیالات بر اساس حرکت رفت و برگشتی دیافراگم می باشد. به این صورت که با عقب آمدن دیافراگم پمپ در داخل، به دلیل فضای خالی به وجود آمده، مکشی برای ورود سیال به داخل پمپ به وجود می آید. این مکش باعث باز شدن شیر ورودی و بسته شدن شیر خروجی می شود و سپس با حرکت دیافراگم به جلو این شیرها به صورت عکس عمل کرده و سیال را به سمت بیرون پمپ هدایت می کنند. برای کارایی بهتر پمپ، آن را به دو دیافراگم که توسط میله ای به هم متصل می باشند، مجهز می کنند.